新冠肺炎第一批病例的基因“指纹”如何帮助控

- 编辑:大众自然网 -

新冠肺炎第一批病例的基因“指纹”如何帮助控

新冠肺炎第一批病例的基因“指纹”如何帮助控

事实证明,澳大利亚疫情爆发前10周COVID-19病例的基因组数据对了解疾病的发展轨迹至关重要,对推动疫情向前发展具有重要作用。

今天发表在世界领先期刊《自然医学》上的一项新研究,揭示了基因组测序和数学建模是如何为研究parentagedoes提供重要见解的。新南威尔士州的病例和可能的传播

这些数据来自悉尼大学和新南威尔士州卫生部门之间的合作,用于指导有效管理该州第一波COVID-19感染的行动。

来自威斯特米德临床学校和新南威尔士州卫生病理学的科学家团队继续在幕后工作,使用同样的方法,随着澳大利亚出现新的感染病例,密切关注新冠肺炎病例。

我们在第一批悉尼集群中获得的高分辨率基因组数据,对于识别输入病例和当地社区传播之间的差异至关重要。该研究的主要作者、悉尼大学威斯米德医院玛丽·巴希尔传染病和生物安全研究所的病毒学家丽贝卡·罗基特博士说。

在澳大利亚首例确诊病例的几天内,我们设计了一种新的程序,从阳性病例中有效生成COVID-19基因指纹。

悉尼大学的研究小组从新南威尔士州209例新冠肺炎病例中提取了基因数据。这些数据用于补充接触者追踪的流行病学信息,并为公共卫生随访提供信息。

重要发现

在研究结果中,研究人员发现,四分之一的COVID-19阳性样本是在当地传播的,并能够确定医疗设施等机构集群。

复杂系统中心开发的一个计算模型有力地验证了这些数据,该中心跟踪和预测了澳大利亚实际的大流行病传播。

该模型被用于通知政府行动,以有效地减少当地社区的传播。

基因组测序是解开局部传播之谜的关键,关键是我们要继续在这项研究上投资,以提高我们长期控制病毒的能力。本;丽贝卡·罗基特博士

基因组测序的解释

基因组测序产生了一种基因指纹图谱。并绘制出基因组的化学组成单元的排列顺序。

研究人员观察了病毒是如何传播的。基因序列是通过检测和翻译每个新感染的微小差异来组织的。一个遗传家族树显示哪些COVID-19阳性病例有关联,并追踪群集。

我们提取的指纹越多,从接触追踪器中收集的关键信息越多,就越容易确定某个已知病例或群集中的某人是否感染了COVID-19。罗基特博士说。

很早的时候我们能够发现与已知群集或病例无关的病例。这使州和联邦政府了解到社区传播正在发生,并导致边境关闭、检测政策修订和其他措施,以阻止病毒进一步传播。

罗基特博士和她的团队之所以能够如此迅速地获得这些基因组数据,是因为他们利用多年的经验,在食物中毒爆发和结核病传播期间,利用基因组测序来追踪食源性病原体,如沙门氏菌。

前进

这项研究是在幕后进行的。看看病毒学家、生物信息学家、数学建模者以及临床医生和公共卫生专业人员所做的复杂而协调的努力。

罗基特博士的实验室是新南威尔士州卫生病理学的专用设施,向在疫情管理第一线工作的新南威尔士州卫生专业人员提供基因组测序数据。

“;基因组测序是解开的谜题的关键地方传播,和挑大梁至关重要,我们继续投资于这项研究推进的能力不仅包含病毒的长期跟踪本地收购的情况下,还要识别新病例一旦放开边境限制,和旅行简历,”;罗基特博士说。

###

参考文献:通过SARS-CoV-2基因组测序和基于代理的模型揭示新冠病毒在澳大利亚的传播丽贝卡·j·罗基特,艾丽西亚阿诺特,康妮Lam Rosemarie Sadsad Karen-Ann灰色,魏尔伦Timms John-Sebastian伊甸园,谢丽尔Chang Mailie瘿,珍妮德雷伯,Eby m . Sim,内森·l·巴赫曼伊恩?卡特凯丽Basile罗伊Byun,马修诉O’沙利文,陈沙龙c - a,苏珊·克斯塔尼亚·c·索雷尔,多米尼克·e·德怀尔爱德华·c·霍姆斯Jen角,米哈伊尔?Prokopenko维塔利Sintchenko, 2020年7月9日,自然医学。

DOI: 10.1038 / s41591 - 020 - 1000 - 7

这项研究是由新南威尔士州卫生部和国家卫生和医学研究委员会新发传染病卓越研究中心资助的预防研究支持计划。本研究的资助者没有参与研究设计、数据收集、数据分析和解释,也没有参与文章的撰写。


新冠肺炎第一批病例的基因“指纹”如何帮助控